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农产品收购发票申请后，做账比没有发票时有一些区别。首先，从管理的角度来讲，有发票可以更精确、完整地记录和报告农产品收购情况，可以有效帮助农产品交易双方沟通理解和解决纠纷，并维护双方的权利与义务。 其次，从财务上来讲，农产品的收购交易发票能够更好的纳入检查和审计，保障农产品收购款项的使用和转移能够有效被控制，杜绝挪用和腐败问题的发生。 最后，从纳税的角度来说，有发票能够为纳税双方提供更多的税务证明，让纳税双方能够有效减少申报税款时的认定问题，拓展税收利益，提升政府收入。 总而言之，农产品收购发票申请后，在做账时可以更加完善、准确，不仅能够有效保障交易双方的各自权利和义务，也可以有效协助税务机构检查审计，降低税款收入，从而更好的实现财政利益。 拓展知识：农产品收购发票申请完成后，应该及时安排财务人员对农产品收购发票进行管理，妥善保管，及时交付，使其具备完整有效性，更好的保证完成税务申报。