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首先，分公司独立的所得税一般是在该公司所在的税收管辖区内交纳的，如果需要将它们合并到总公司申报，需要根据所在税收管辖区的不同而有所不同。一般来说，每个管辖区内的规定会有所不同，具体情况需要根据各个地区所得税法规来确定。一般情况下，需要将分公司的所得税合并到总公司申报的情况包括：一、分公司的所得税由总公司或分公司自行申报。二、总公司不参与分公司所得税申报，而是直接向关税局申报，提交同一公司不同管辖区内合并所得税申报。以上是分公司的独立所得税如何合并到总公司申报的一般情况，对其实施过程，务必参照当地税务关税局的规定执行。除此以外，各地税务部门也会定期下发相关的税务通知，分公司可以根据这些内容按照相关规定完成合并所得税申报程序。