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首先，要先确认甲供材扣款的性质，如果是合同约定的内容，那么就不需要开发票了。如果是在合同约定之外，进行的材料购买，那么就应该开具发票，是一种合法的凭证。 关于如何入账，一般可以按照以下步骤进行： 1.将甲供材对应的材料购买费用列入工程预算，通知乙方将此项费用支付给甲方； 2.从工程款里面直接扣款，确认支付了款项； 3.根据《企业会计准则》，甲方不开发票的，将此项直接登记入账，需要提供材料验收明细表明甲供材的数量，价格，等相关信息； 4.甲方确认收款及完成材料验收后，乙方将相关凭证，如发票，结算明细表等相关凭证复印件，存档备查。 拓展知识： 当甲供材存在开票问题时，乙方应尽量要求甲方开具正规发票而不是收据，发票是企业管理费用的合法凭证，也是增值税纳税的依据，正规发票可以做到费用的公正、合理的分摊。