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首先，3月份多扣了同事的个税的情况下，6月份应先检查具体多扣了多少税款，以及多扣税款的原因和缴纳情况，并形成明确的清单。 其次，核实清单上的每一项的准确性，检查6月份账务情况，以确保每一项税款都缴纳完毕，缴完税款后，再开具纳税凭证，纳税凭证在未来可能查账时使用。 最后，建立自己的税款档案，把需要的文件和资料，如3月份多缴税款的清单，缴税凭证，6月账务情况等，都根据账务规定建立档案，以备日后查账使用。 拓展知识: 如果财务部门发现某税款超出实际应纳的总额，可以向税务机关申请税款退回，或者提出减税的申请，由税务机关根据申请通过后进行核实，如果是滞纳金，则由税务机关直接负责安排减免或者一次性收取。