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根据国家有关规定，实际付款超过5万元的跨境货物运输服务，需要在支付时向海关备案，缴纳相应的增值税。申报流程需要按照下面的步骤： 1. 首先，需要在税务机构的网站上注册和登录，申请纳税服务号； 2. 然后，需要填写相关文件，如报关单、发票、报关清单等，并上传到网站； 3. 接着，完成运费支付，并且向海关备案； 4. 最后，完善信息，并缴纳相应的增值税等。 拓展知识：在缴税的时候，还需要注意税务稽查，税务稽查是海关、税务两个部门联合实施的一项措施，目的是防止和惩治欺诈、逃避缴税等行为。