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这种情况下，我们可以分别给两家公司开立一张类似于转账单据，其中明确该客户针对分公司订货的款项，从总公司账户转到分公司账户，以证明客户付款的确是针对分公司的订单，同时也需要客户的签字。如果客户拒绝签字，那么可以发出传票，附上两家公司的发票、订单单号、客户名称等资料，证明客户款项分正确支付给两家公司。 此外，为了避免今后类似情况的发生，建议我们可以给核心客户开通分账系统，客户在下单时可以选择总公司或分公司，同样付款也可以区分，以便于结算更加准确。（拓展知识）分账系统，也被称为拆账系统，它可以帮助企业将整体的财务流程进行拆分，拆分后的财务流程比原来要更加精细与灵活，使企业更好的实现财务管理和控制。