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善意取得虚开发票的处理，一般要按照国家规定的流程进行处理。首先，商家需要核实其发票内容，如果确认其发票是虚开的，需要立即向税务机关申报虚开发票，并且负责相关违法行为。 其次，商家需要向相关部门申报纳税，提供虚开发票的相关证明，如果拒绝纳税，可能会受到处罚。最后，商家要提供与发票的相关证明，并上报税务机关以作为发票审核的证据。 另外，在拓展知识方面，虚开发票是指为做虚假发票而利用现有发票经常存在的现象，这会导致增值税、企业所得税等损失。因此，对于善意取得虚开发票，商家要及时向税务机关申报，并做好相关手续处理，以保障自身的权益不受侵害。