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店长的工资可以分为两个部分，公司支付的工资和加盟店支付的工资，这两部分的工资都要参与个人所得税的申报。公司支付的工资应当由公司按照当地个税政策申报，而加盟店支付的工资则可以入费用，税前扣除。举个例子：假设店长本月总工资是3000元，其中公司支付的是2500元，加盟店支付的是500元，那么加盟店可以按照当地个税政策将2500元部分申报个税，而500元部分则可以在税前抵扣。 拓展知识：在缴纳个人所得税的过程中，企业也有赔偿责任和扣缴义务。据《企业所得税法》规定，企业应当对于它支付的对象的所得税，按照当地税务管理部门规定的程序和期限，向税务管理部门支付所得税。企业应当履行当地个税政策的职责，及时缴纳个人所得税。