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小规模纳税人二季度应缴纳水利建设专项收入的计税依据是从4月1日到6月30日期间的不含税收入。根据《中华人民共和国水利建设税暂行条例》第十二条开出的收据，应当以不含税价格确定税收计税基数。与其他国内收入不同，水利建设收入是以不含税价格为计税基数。由于不含税价格没有税金组成，因此计算水利建设收入税金时，必须使用不含税价格，也就是4月1日至6月30日期间产生的不含税收入。此外，根据《中华人民共和国水利建设税暂行条例》第五条，由水利建设项目产生的收入，应按照规定扣缴水利建设专项税。 拓展知识：水利建设专项税是一种非常重要的税收形式，由中央和地方政府“分税上缴”，是国家专项财政收入的重要组成部分。对水利建设税的征收，仅限于水利建设项目发生的收入，而不包括其他收入，例如投资收入等。水利建设专项税是由地方政府按照法定倍率征税的，通常为3%-5%不等，用于支付水利建设专项政府支出。