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支付宝手续费计入应付费用的科目。具体来说，支付宝手续费应当计入应付款项科目，无论是支付宝收取买家还是卖家支付的费用，都应该把这些款项记为应付款项，再根据科目设置把这些支付宝手续费记在应付款项科目下。 拓展知识：支付宝手续费是支付宝给商家的服务报酬，该费用可以作为管理费用直接计入利润表，也可以作为销售成本直接计入成本费用，管理者应根据实际情况作出选择。实际上，不论是支付宝还是其他财务软件，都可以把支付宝手续费直接计入应付费用，不过应确保做到清楚分类，了解支付宝的相关费用情况，以防止出现错误操作。