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通行费的增值税抵扣规则是：3%的增值税发票，可抵扣3%的增值税；9%的增值税发票，可抵扣6%的增值税，抵扣比例不能超出所开发票税率。是按发票上的税额抵扣，具体可根据发票上的金额和税率来计算。对于3%或9%的增值税，如果需要抵扣，则需要去增值税选择确认平台勾选认证，提交认证后会发出认证确认函，按照认证函上的要求去银行缴纳相应的税款，之后才能抵扣税款。拓展知识：通行费电子发票也可以用于原材料抵扣，具体抵扣税费的具体比例需要根据发票上税率来计算，而且低于6%的增值税发票不能抵扣，可以提高抵扣率，利用发票上的信息可以抵扣最大税额。