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商品过期报废，进项税已经用的处理方式是，如果该商品报废有可能被重新利用，例如再次加工、整理等，则应当按入库金额缴纳增值税，并确认不少于该金额计提转出。再次扩大加工的话，转出税金的抵扣应以新入库金额为基础；如果报废商品无法被重新利用，则入库金额计提的增值税应当转出，并以入库时足额缴纳的金额为准进行转出。 在后续操作上，应当将重新利用的商品计入存货汇总表，而报废商品则应移出账务系统（纳入应收账款或应付账款等），以便能够进行正确的税务报表统计。 在一些增值税专用发票的管理上，还要根据增值税法的规定，与客户的关系来进行妥善报销，确保发票的合法性和完整性，以免出现不合法发票，影响企业后续的财务管理工作。 结论：商品过期报废，进项已经用的正确处理方式是，如果可以重新利用，则应当按入库金额缴纳增值税，并确认不少于该金额计提转出；如果无法被重新利用，则入库金额计提的增值税应当转出，并以入库时足额缴纳的金额为准进行转出。 拓展知识：企业在管理增值税发票方面，还要注意发票的账务处理，如结账、回收报销等，并务必全程记录，以便日后能够核实，预防发票遗失及不合法发票的出现。