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在这种情况下，会存在税务风险。因为长远深瑞和长远科技是不同的集体公司，在税务处理上，可能会产生错误理解。签订三方协议可以有效的避免风险，三方协议一般都包括定义交易对方、货物或服务的详细说明和交付时间等内容，以保证不同的参与公司都明确知晓交付和支付手续。同时要注意，还应具有可执行性，以确保每个参与公司都会执行合同的规定。如果可能的话，建议使用更加正式的合同文件，并有效地管理参与公司之间的关系。此外，还应对所有参与公司进行开票税务审计，检查发票内容是否真实可靠，以及审计财务结算等，以避免税务风险。