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企业应该根据《中华人民共和国增值税暂行条例》进行增值税申报，由于该企业管理不善，造成原材料被盗，实际成本两万元，买方应当支付增值税6600元，即3%的税率。由于该公司在原材料投保，收到赔偿款一万元，这部分不用交税。由于该企业管理不当，造成原材料损失，应当缴纳的增值税为6600元，收到的赔偿款一万元，减少的税款总额为3400元。 拓展知识：一般纳税人是指有一定税收资质的企业或者个人，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的规定，一般纳税人的增值税税率一般为3%，可以根据公司实际情况进行申报，其它税收也都是根据实际情况进行申报和缴纳，对完成税收申报和缴纳的企业可以获得一定的税收优惠。