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应该由供应商与总公司a和分公司b展开协商，由总公司a或分公司b向供应商发出收据，告知已经支付货款并且收到货物，同时请求供应商将发票开具给总公司a 。如果供应商拒绝，可以考虑通过法院等司法途径进行纠纷解决。 此外，为了避免这种情况的发生，在未来的交易中，可以预先约定，将发票都开具给总公司a，将其他信息（如收货人等）分别开具给分公司b。这样可以有效令总公司a和分公司b在发票开具问题上的合作有条不紊。此外，还可以考虑设立专员，负责监督发票管理等事项，这样可以加强集团内部的沟通，不断完善管理机制，以免发生类似的问题。