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苗木发票按照按照发票税率进行抵扣。根据《中华人民共和国发票管理条例》第五十三条，苗木发票属于普通发票，税率为增值税3%，与普通发票税率一致。苗木发票只能抵扣增值税，不能抵扣消费税。 拓展知识：由于发票的使用场景和发票抵扣方式不同，发票税率也会有所不同。除了苗木发票的普通发票税率，还有特殊发票税率，如机动车发票，税率为7%，棉花、茶叶发票税率为3.7%，桑叶、贴膜发票税率为13%，木材发票税率为5%等。