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开发票时，在货款中扣除运费，应当按照国家相关财税法规办理，要注意不同商品有不同的征税依据。 首先，根据《税收法》的有关规定，在开具发票时，应当根据货物的实际金额来开具发票，确定开具发票的货款金额，扣除运费。 其次，在开具发票时，应当注意不同商品有不同的征税依据，比如货物应税、否则不征、服务不征税等。 其次，如果货款中扣除的运费金额大于发票金额，发票金额应当按照实际货款金额来开具，但是运费金额不扣除在发票之中，另外开立结算收据。 拓展：另外，在销售商品时，如果实际扣除的运费金额大于发票记载的货款金额，则应当另行开立运费发票，以便核实实际货款金额。在开具发票时，应当注意按照规定写入货品名称及金额，以便审核查询按照国家财税法规办理。