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一个员工的工资分两个公司发放，应当根据个税政策分别发放。具体而言，纳税人在申报个人所得税时，应根据税政策分别向两个公司申报，而不是合并在一个公司申报。因为每家公司的税率、税收基数可能不一致，且一家公司的一次性收入也可能超过某个限额，而另一家公司不会，这样就可以起到优化税收的作用。同时，纳税人还需要主动了解公司的税收优惠政策，以获得更多的税收优惠。拓展知识：在申报个人税收时，纳税人还可以申请税收优惠，包括起征点、子女扣除教育费用等，以期节稅。