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出差机票开的电子普通发票上的税款是可以抵扣的。根据《中华人民共和国企业所得税法》第三十四条规定，企业可以在本期申报所得税时，减免相应部分的所得税，即在准备好税务申报表后，企业根据发票上的税款，做出减免所得税的相应调整，以减少企业的税金负担。 此外，《中华人民共和国发展和改革委员会全国税务局关于规范减免运输业等行业企业与国际国内机票销售企业办理发票的通知》中规定，对于行政机关、国家机关及其他机构购买的出差机票，可以在税款申报表中抵减。 因此，出差机票开的电子普通发票上的税款确实可以抵扣，但是也要根据财政部、税务机关关于抵扣税款的规定来操作，以确保抵扣税款的准确性和合法性。 拓展知识：企业除了可以在本期申报所得税时减免税款，还可以在明年累计申报所得税时减免税款，以及在下一年度累计申报所得税时减免税款。但是企业在减免税款的时候，需要注意有效期的限制，以及与税务机关的合作。