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个人独资企业购买股权时发生的200万元咨询费，可以在纳税时予以免税扣除。根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称个税法）第十八条，个人支付的物品和服务的费用，可以在生产经营收入的税前列支中予以免税扣除，所以，200万元咨询费可以税前列支，即可以从个人独资企业发生的500万元股权购买费用中扣除，最终个税缴纳基数是244万元。 而拓展知识，除了个税可以予以免税扣除外，还可以以其他方式来缓解税收负担，比如借贷融资。根据《中华人民共和国企业所得税法》（以下简称企业税法）第一十三条，企业支付给境外的借贷融资利息的，在计算当期所得税额时可以予以减除。