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是的，独立核算的分公司和总公司都是关联企业，需要填报年度所得税汇算。根据《企业所得税法》第31条的规定，不同的关联企业应当分别适用独立核算制度，并且在全年内通过财务报表，对母公司和子公司进行年度汇算。这样，在核算完全年应纳税所得额等基本数据后，就可以进行税费汇算了。拓展知识：企业所得税汇算是指在关联企业之间，根据“分别核算原则”，将企业所得税由母公司为子公司代扣代缴，由子公司向母公司进行企业所得税结转抵减的清算制度。