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分公司注销欠总公司其他应付款，首先需要在分公司财务软件上进行作业，将记录欠款全部做冲销。然后在总公司财务软件上，根据分公司的冲销凭证进行预提费用抵扣，最后将抵扣的费用转入“应收账款抵扣应付款”科目，结转至本年度期末，以此进行结平。 拓展知识：在一定程度上，分公司注销欠总公司的其他应付款，也可以用总公司的财务软件制作付款单，将欠款以现金付清，直接做付款，不用经过预提费用抵扣，也可以达到结算清欠的效果。