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根据国家有关税收法律法规，如果公司卖出固定资产，收入40万元，扣除4万元销售佣金后，最后收入36万元，不可以给对方开40万元的发票，而只能开 36万元的发票。收到的 4万元佣金发票则应该登记在费用类支出明细中： 应付账款—>销售佣金—>xxxxx（根据具体的佣金交易类容填写），进项税应用应付税款科目记录。在账簿记账时，佣金应该挂账科目——费用类（分类费用），而不应用收入类（销售收入等）记账。这样做一是不影响最终的收入；二是不影响最终的税金。另外，如果佣金发票上没有报税标志的话，不能用于进行减税，也不能用于退税。