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高新企业汇算清缴填报，首先实行登记注册，由企业拥有者或其代理人填写申报表并拼装相关材料，申请登记注册。其次填写报表，向税务机关提供企业相关的财务资料，填写汇算清缴专用表格，进行税款汇算清缴，填写税务机关要求的相关记录表格。最后，根据税务机关要求进行汇算清缴，按时缴纳应税款物，如个人所得税等相关所得税，对缴纳的款物登记，并在完成汇算清缴后申领相关凭证，完成汇算清缴的相关过程。 除了登记注册、填写报表、汇算清缴以及申领凭证等步骤外，企业在办理汇算清缴还需要涉及到申请抵扣、核对报表、申请补助、查验税款单证等步骤，办理前要搞清楚这些税款到底应如何计算，以及应放在哪些税款单证中。另外，根据国家税务总局规定，企业在办理汇算清缴前还要准确定位税款负责人，由税款负责人负责配合机关完成汇算清缴程序。