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小规模纳税人的出租厂房开具发票的税率是3%。按照《中华人民共和国营业税暂行条例》的有关规定，小规模纳税人出租的不动产项目税率为3%，税收征收基准为不动产实际租金，同时，按照相关法律法规，小规模纳税人出租厂房，若租金收入不超过600万元，并且不动产本身的价值不超过1000万元，则可享受半税减免政策。 然而，小规模纳税人在出租厂房时，仍需注意与租赁方的发票和税收的相关规定，包括发票类型、发票金额、发票行业等，以及租赁方采用什么形式付租金，是否有可能享受减免所得税等。 拓展知识：租金房企可以通过购买土地使用权进行“柴火贷”，即将土地使用权出租给合作企业，获得现金回报。总之，在出租时，小规模纳税人需要提前认真研究相关法律、规定，从而确保在正常经营的同时，不致于违反营业税税收的规定。