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如果变更扣缴义务人，那么税务申报系统会发生相应的变化，会对企业本次申报及之后的申报均有影响。根据税收法律，对于企业的收入，通常是由扣缴义务人（经营者）来承担税收义务。因此，变更扣缴义务人，会影响税收属地确定，也会影响企业财务报表的准确性；此外，若变更扣缴义务人不及时，也可能导致以前征收的税款未经报告或已经报告，但未及时归还的情况。 如果变更扣缴义务人，企业需要重新确定税收属地，以确定应纳税收之税种及税率等。这也会影响到企业的期末报表的合法性，甚至可能与税务机关报表上一致，从而导致一定的税收负担。拓展知识，当变更扣缴义务人时，企业应确保其税收申报与法律法规一致，同时还要注意完成变更程序，如变更扣缴义务人后，应及时向税务机关申请注册登记或变更登记等，以免影响税收申报。