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员工职业资格证书可以在个人所得税专项附加中抵扣费用，其中可以一次性抵扣3600元，根据《个人所得税法实施条例》规定，符合条件的个人可以从个人所得税额中扣除职业技能考试和职业资格考试的费用，也可以从收入中扣除，但是同一年不能双重扣除。再有，个人所得税附加中还有生育保险金和失业保险金。这些保险金也可以从个人所得税额中扣除。因此，职业资格认证可以从个人所得税额中扣除，但必须符合一定条件。 拓展知识：根据《个人所得税法实施条例》，个人所得税附加中还有很多扣除项目，如捐赠扣除、子女教育等。子女教育可以抵扣支出，包括学费、书本费和住宿费，抵扣的最高限额为3600元，可以抵扣2个孩子的教育费用。