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是的，作废发票需要上交税务部门。首先，作废发票的申请书支付宝去发票报销管理系统中“上传作废发票申请书”，该申请书必须由消费者本人签名，有要求的文档确认需要在发票报销系统上传，并用电子签名确认。然后，企业在支付宝去发票报销系统上填写“作废发票申请单”。之后，消费者需要缴纳1000元作为作废发票的费用，消费者仍然需要将此费用转账至支付宝去发票报销系统银行卡账户中。最后，作废发票的申请书以及收取的1000元费用将通过网上的收件式上交到税务部门。 拓展知识：作废发票不可以使用，但是仍然可以用于申报，但是在申报的时候，企业不能核准其申报的税款。作废发票上的完税凭证号和发票号码也不可以用于计算税款，只有正式的发票可以用于申报税款。