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根据《企业所得税会计准则》第三百四十四号准则，企业在供应商开具的电子普通发票免税的农产品中，抵扣进项税额时，应选择农产品收购发票抵扣，而不是农产品销售发票抵扣。 具体而言，农产品收购发票是指企业用于所收农产品购买的国家规定发票样式，这种发票属于包含直接购买税收和进项税收的价格，而农产品销售发票则只包含直接购买税收，无进项税收内容，故农产品收购发票是抵扣进项税额的有效发票。 由此可见，在供应商开具的电子普通发票中，如果需要抵扣进项税额，则必须使用农产品收购发票。不过，在计算免税额时，应在农产品收购发票中减去进项税收部分，以计算真实免税额度。 拓展知识： 农产品收购发票和农产品销售发票的区别在于：农产品收购发票包含直接购买税收和进项税收，而农产品销售发票则只包含直接购买税收，无进项税收内容。因此，抵扣进项税额时，必须使用农产品收购发票，而不是农产品销售发票。