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是的，税务机关会查询企业是否为员工缴纳社会保险。如果企业没有缴纳社会保险，并且还申报下拨个税，那么这一行为将会被税务机关查处，企业将面临追缴财产的风险。 虽然企业没有缴纳社会保险，但是企业仍然需要关注员工的社会保险缴纳情况，实行个人社会保险制度。在这种情况下，企业可以采取下列措施： 一是对工资实施有规律的发放，不要出现特别大的金额； 二是建立严格的工资发放制度，并实行过程检查程序； 三是明确社保责任主体，并及时缴纳个人的社保费用； 四是定期向税务机构报告员工的社保信息，如社保缴纳情况、个人所得税等。 通过以上措施，企业可以有效避免税务机关的处罚，同时也可以保证员工的社会保障权益。 拓展知识：社会保险是指社会为保障公民包括职工、无业人员、农民等在生育、婚嫁、工伤、医疗、失业、护理、退休等方面提供保障的一种制度。该制度定期向社会缴纳保险费，当参保人员遇到意外情况时，保险机构会根据申请者的具体情况进行理赔，以保障申请者的正常生活。