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在有发票丢失的情况下，注销公司的流程如下： 1.提出注销公司的申请：首先，需要公司股东准备相关文件并提出注销公司的申请； 2.备案登记：拿到公司注销文件后，需要向工商局提交注销登记； 3.缴纳税款：发票丢失之后，需要交纳最近一期的税款，并报告损失； 4.清算完毕：进行财务审计，审核完毕，提交注销申请，完成清算后，等待工商局审核； 5.注销登记：工商局审核无误，发放注销执照，将彻底注销公司。 由以上步骤可知，在发票丢失的情况下，企业要想顺利注销企业，需要做好以上步骤，并交纳税款以及报告损失，才能完成注销登记。 另外，有一种叫做专案报废的政策，可以让被报废的企业领取到赔偿款，但是该政策的适用范围有限，受到地域性的限制。因此，在注销企业时，可以向当地的工商局查询是否有可以申请的政策，了解是否有资格申请。