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企业所得税申报时，若总公司与分公司被合并，且亏损，则应当填写0元。因为，无论是合并前还是合并后，分公司原有的企业所得税纳税责任不变，而合并后，亏损影响着其企业所得税应缴纳的金额，因而申报总额应填写0元。 拓展知识：关于企业所得税的申报，在合并企业的情况下，还应注意以下几个方面： 1、被合并企业进行企业所得税申报时，应填写被合并后的数据，而非被合并前的数据； 2、被合并企业应当携带完整的财务会计凭证，及业务活动记录，以验证填报的企业所得税数据； 3、被合并企业应遵守企业所得税相关税法，并在时限内缴纳税款。