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运费中含有的准于抵扣的增值税的扣除原则是：在销售商品时，可以在累计款项中扣除运费中含有的准于抵扣的增值税。当销售商品货物的金额确定时，可以根据发票的增值税税率和金额确定运费中由准于抵扣的增值税金额，然后从累计款项中扣除。扣除完准于抵扣的增值税后，所剩余的款项需要支付给运输方。 而运费中不准于抵扣增值税的处理方法：在销售商品时，如果运费中有不准于抵扣增值税，那么销售单位不需要从累计款项中减去，使用者要把不准于抵扣的增值税和支付给运输方的款项分开支付，不准于抵扣的增值税由使用者自己在财政部门申报纳税。 以上说明了准于抵扣增值税和不准于抵扣增值税的处理方法，并以实际例子说明了如何扣除准于抵扣的增值税。 拓展知识： 在准于抵扣的增值税扣除中，销售单位只能扣除运费中含有的准于抵扣的增值税，对直接购买的货物、服务以及在其他单位租赁的固定资产等不能进行准于抵扣的增值税扣除。