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根据小规模纳税人税率规定，单季度开票超过45万，该小规模纳税人需要缴纳增值税468948元。 根据国家规定，小规模纳税人的增值税计算公式如下： 增值税=税率x税款计算基数（国家税务总局定义的应纳税额） 【税款计算基数=应税所得额x税率系数】 其中，应税所得额=4,689,48元；税率系数=1.03；税率=3%； 因此，（4,689,48元x1.03）x3%=143.683元， 单季度开票超过45万的小规模纳税人需要缴纳增值税143.683元。 拓展知识： 新疆小规模纳税人的税率规定，货物或者劳务收入45万元(含45万)以下，按照3%的税率计算；销售额大于45万的，按照一般纳税人的税率计算，税率一般在16%至25%不等。因此，小规模纳税人开票超过45万元时，应根据其发票明细计算应纳税额。