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首先，从税务角度来看，根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，经办人应当遵守税法规定，如：发票金额不得超出实际交易金额，不得开具无关商品的发票，不得开具多张发票转让使用等。因此，对于4万多元的运输发票，您可以向对方公司申请作废，并向税务机关报送作废申请，由税务机关核实并进行发票改正，以及相应的税款处理。此外，为了有效减少发票资料差错，您可以采用电子发票系统，分账系统，手持式发票采集终端等，实现发票自动化管理，避免发票资料差错，提高发票管理整体水平。