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当异地预缴税款时，9%和3%的增值税抵扣，是按照9%、3%按照异地预缴税款分别抵扣所得税，但是申报本月增值税时，主表销项税额不对的原因是：9%和3%的增值税抵扣，按照9%和3%的税率分别抵扣的是异地预缴税款，而不是本月的增值税，所以抵扣金额应该在附表一第十二列和第十三列分别填写。拓展知识：若企业在异地开具了应税收入发票，则在报税时必须区分开来，其中异地预缴税款也必须在相应报表中做出标记，以免在申报增值税时造成不必要的误解。