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小规模纳税人确认收入时按含税进行确认。因为《中华人民共和国企业所得税法》第四十条规定：小规模纳税人自主确认应税收入，以含税销售额、含税收入或其他金额为准。小规模纳税人的确认收入，应以自营经营活动的应税收入，减去其发生的应纳税所得额的费用、扣除项目，再减去其发生的专项附加扣除项目，最终形成的应纳税所得额为小规模纳税人确认收入的基础。 小规模纳税人确认收入时，应采用含税价格或收入来确认，这样可以把实际应税收入更准确的确认出来，减少了计算错误，并且更加符合实际。 拓展知识：“小规模纳税人”是指根据税务机关的规定，按小规模征税的纳税人，其应税收入不超过一定数额，不征收企业所得税，按照规定征收个人所得税，其纳税义务在小规模纳税人税收制度中受到保护。