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是的，小规模纳税人税局代开专票只能开3%的专票。根据《中华人民共和国税收法》和实施条例的规定，小规模纳税人可以选择小额征税的方式办理税务事宜，即以较低税率征收增值税，但是小规模纳税人只能开3%的专票，也就是说，可以在发票上开具3%的税率，对于纳税义务人来说，有利于降低税收负担，但也存在一定的不足之处，例如小规模纳税人只能开3%的专票，无法满足发票开具者需求，另外，3%的税率也意味着发票开具者无法获得资金抵扣及往来结算等福利。总的来说，小规模纳税人只能开3%的专票，对小规模纳税人来说，有节税的作用，但也带来了一定的不变。 拓展知识：企业纳税人与小规模纳税人在发票上的税率设定上，有一定的差别，企业纳税人可以开具3%、5%、10%、16%以及17%的发票，而小规模纳税人仅限于开具3%的发票。由此可见，小规模纳税人无法享受到企业纳税人能够获得的一些优惠条款。