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这个问题取决于总公司和分公司之间的约定和财务系统。如果总公司和分公司之间约定付款必须记入总公司费用，则应该按照这一约定把这笔款项记入总公司费用。如果总公司和分公司之间未约定，则应该看款项的性质，如果是日常经营费用，则款项应该记入总公司费用，如果是利润分配，则款项应该记入分公司往来。 此外，分公司有自己的账务报税，即分公司财务人员可单独维护分公司的账目，不受总公司账目的影响，在上级税务机关审核时，分公司可以提供清楚的账目记录来核实本公司的税务状况，从而使税务审核更加有效率。 拓展知识：在财务报表中，一般分公司的报表称为“母公司报表”，母公司报表是母公司统合和整理所属分公司报表而形成的报表，可以从母公司报表中发现和比较分公司经营状况，有利于调整总公司的经营策略和管理措施。