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在汇算清缴中，研发费用加计扣除应是参考减除特殊收入成本后的数据。根据《企业所得税汇算清缴暂行条例》第十五条第四款和第五款的规定，征管机关应当核定企业研发费用的数额，并根据其研发费用的实际经营情况参照国家规定的准则确定加计扣除数额。由此可见，企业研发费用加计扣除应以减除特殊收入成本后的研发费用为参照。减除特殊收入成本，可以保证研发费用真实、合理，从而使企业受益于研发活动。 此外，企业在汇算清缴的过程中，还应按照相关规定，对专审中和年审专审中的研发费用进行统计比较，以确保研发费用的开支是否符合国家规定。企业可以根据比较结果，采取有效的措施，加大研发费用的投入，保障企业发展，提高经济效益。