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小规模纳税人开运费专票应该只能开3%，因为按照中国税法规定，小规模纳税人只能享受简易征收制度，只能开3%的增值税专票，而不能开17%的普通增值税发票，因此开运费专票只能开3%。 而普通纳税人，按照国家税政优惠政策，运费等服务性收入，纳税人可以凭税务机关出具的说明书，开17%的增值税普通发票。 在实施运费专票时，纳税人要做好准备工作：首先应当准备好有效的发票承兑汇票，其次要按照税务机关规定，准备好部分关于发票申请、开具、开具和使用等相关文件，最后要严格按照发票开具条例规定时间，如实填写发票，保证发票质量。 需要指出的是，除了按照规定开3%的增值税专票外，企业还可采用抵扣发票来避免增值税，其要求是：购买的商品或服务要有应税劳务性质，购买方要有真实的经济活动，且商品或服务实际传达后才可以使用。另外，纳税人要严格按照发票开具条例规定，否则将受到处罚。