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处理已抵扣的增值税进项税额因票据不合规的，需要依照《企业所得税暂行条例》和《增值税暂行条例》有关规定办理，一般有两种处理方式：一、自行申报重新计算税额：若票据被发现有不合规的，则应重新按照有效票据的规定进行计算，计算后的税额减去原抵扣的税额即为实际应付的税额，由企业自行申报纳税；二、税务机关核实后重新计算税额：企业应当把不符合规定的票据交给税务机关核实，税务机关审核完毕，如果发现确有不合规的，则将企业根据有效票据重新计算出来的税额，减去原抵扣的税额，即为实际应付的税款，由企业及时缴纳。 至于增值税附加税可根据不合规的票据的类型分别进行判断，一般若是补开发票给供应商的，则企业需要根据应纳税额重新计算，以实际应纳税额为准补缴增值税附加税，未补缴税款可以抵扣未来申报的税款，如果是收到供应商补足票据后，需要把补缴税款申报给税务机关，加上追回利息，一起缴纳。 总之，对于已抵扣的增值税进项税额因票据不合规的情况，企业应及时重新计算税额，按照有效票据的规定申报纳税，并补缴相应的增值税附加税费。 拓展知识：从2020年1月1日起，税务管理机关开展增值税改革，取消进项税额抵扣，由工商银行直接代扣代缴，前减收的进项税额和此前抵扣的增值税进项税额，将按照规定继续存放到企业专用账户，再供使用。