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老师好。 如果员工选择自行申报个税，那么公司在发工资时不能够代扣其个税。因为根据税收法规，申报个税前，需要在税务机关进行申报，完成税务登记后才能够发放工资，代扣个税也都在这一程序之中。而自行申报个税，是指自己办理个税申报手续，在税务机关办理完成后才能发放工资，因此公司不能代扣自行申报个税的工资。 此外，公司在发放工资前需要和税务机关结算个税，才能够发放工资，自行申报个税也不例外。如果员工自行申报个税，公司需要和税务机关结算，并确保税务机关收回了员工个税，税务机关完成复核之后，公司才能够发放工资。 拓展知识：另一种情况，如果是雇员选择由公司代缴个税，公司在发放工资时就需要在本期工资中扣除该员工应缴纳的税款，并到财政部门缴纳，发放的工资中就包含扣缴的个税。