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这两者有一定的区别。首先，员工个人付款后开票回来报销需要员工自身承担费用，其次，公司直接对公打给对方开票是报账费用，即公司负责报销这些费用，而不是员工自己承担。另外，公司直接对公打给对方单位开票，可以提高开票效率，而且还可以节省费用，更重要的是，能够更加方便的进行用票核销，从而提升财务管理的效率。 总的来说，员工个人付款后开票回来报销，仅仅是让员工自己报销，而公司直接对公打给对方单位开票，则更便利，更有效率，也可以节省费用。拓展知识：在使用对公开票的时候，还需要注意以下几点，如开票的名义要与公司的实际名称保持一致，发票的内容要准确，以及遵守相关税收法规等。