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增值税留底退税操作主要包括以下步骤： 1、申请退税：根据税收征收管理的有关规定，纳税人应当在发生纳税计算和税款缴纳义务后，按规定填报申请退税的申请表，把纳税计算及缴纳税款的证明材料一并提交税务机关以供审核。 2、准予退税：税务机关对纳税人提出的申请进行审核，经审核确认后，按规定由当地财政主管部门准予退税。 3、支付退税：税务机关根据准予退税的决定，将退税金准确无误地汇入纳税人的账户。 拓展知识：增值税留底退税的期限一般为3个月。税务机关审核纳税人提出的申请后，会尽快将退税金支付给纳税人，以减轻纳税人的负担。纳税人申请增值税留底退税时，应按照规定准确确定税款科目，并准确计算税款。