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新公司作为扣缴义务人需要做以下几步操作: 1.提交新员工的个人所得税起征附加缴税申报表：扣缴义务人应按月提交劳动者个人所得税起征附加缴税申报表（根据劳动者实际缴纳社会保险金额，缴纳社会保险金附加缴纳个人所得税）。 2.每月把个税附加费与个人所得税等一起缴费：扣缴义务人每月应把劳动者实际缴纳社会保险金附加缴纳个人所得税与个人所得税等一起缴纳。 3.报送个人所得税起征附加和个税附加汇总表：扣缴义务人需要把个人所得税起征附加和个税附加汇总表报送至税局本地税务机关。 4.定期报送税收缴纳表：扣缴义务人还需要每月定期报送税收缴纳表至税局本地税务机关。 以上是关于新公司作为扣缴义务人关于个税附加的操作，同时也要注意其他相关个人所得税规定，避免出现违规，以免受到税务机关的处罚。 拓展知识：个人所得税是扣缴义务人向税务机关所缴纳的一种税收，是由劳动者在一定的范围内的收入所产生的税收，根据《个人所得税法》规定，劳动者自行承担的个人所得税，可以由扣缴义务人代为扣缴。