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根据《增值税电子发票开票规定》，电子发票开票金额应当与签订的合同金额完全一致，如果开票金额比合同金额少了三分钱，则可以采取以下措施进行处理： 一是尽快向发票客户补录发票，将发票开票金额和合同金额按照服务、商品价款总额与税额金额各开一张补录发票，以此来解决。 二是发票客户可以申请重新开具发票，重新开具发票时，原发票无效。 三是把发票客户冻结或作废，企业可以向税务机关申请冻结此发票，以防止发票客户非法使用，或者作废此张发票重新开具发票，同时作出书面的开票证明，以免造成不必要的损失。 四是发票客户携带合同或凭证，向银行办理支票，为补充款项进行贴现。 以上是电子发票开票金额比合同金额少了三分钱的处理方式，为了规范开票程序，纳税人应当确定合同金额在开票前进行严格核实，确保开票金额与合同金额完全一致，以免出现纰漏。