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纳税人超过45万的季度开票的增值税计算方法主要包括以下几个步骤： 1、首先识别涉及的业务，计算出应纳税的增值税； 2、基于上一步的收入减去应发票的应税收入，计算出应纳税的增值税； 3、将应税增值税率从0.03、0.06、0.09和0.17中选择一个最低的应税增值税率； 4、根据最低应税增值税率，根据最后计算出来的应税增值税，来计算最后的税额。 除了上述步骤，企业还可以根据具体的业务来查找适用的税收优惠政策，进一步减少应缴税费。 拓展知识：进行增值税税费计算时，有两种抵扣方式，一种是销售方抵扣征收方式，另一种是适用税率法抵扣征收方式。在选择抵扣方式时，要根据具体情况进行对比，以最大限度地减少企业应缴税费。