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公司给员工缴纳补充公积金个税申报应当填写在《个人所得税申报表》中。首先，公司应当填写《个人所得税申报表》第三部分的“新增补充公积金及其他收入”栏，缴纳的补充公积金应当如实填写入“新增补充公积金金额”栏；然后，填写《个人所得税申报表》第五部分的“收入调整情况”栏，其中的“本期取得的新增补充公积金”栏，应当填写与第三部分“新增补充公积金及其他收入”栏所述的补充公积金金额相同。 此外，《个人所得税申报表》A类表中也有现行税收政策对新增补充公积金的税收优惠政策，例如，按照有关规定，申报新增补充公积金，申报人有权减少第一部分的应纳税所得额500元，具体的办法是，在第五部分的“列支抵减”栏中，填写“新增补充公积金抵减”，将“新增补充公积金抵减”的金额填写在“金额”栏中，本期抵减“新增补充公积金”的金额，不得超过本期取得的“新增补充公积金”的金额。 拓展知识：新增补充公积金金额缴纳后，公司可以享受税收优惠政策，补充公积金一般只有10000元/每年，可有效减少税负，节省缴税费用，增加费用抵税。