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商业营运公司代替开发商收取商铺租金，发票由商业营运公司本身来开。一般来说，商业营运公司会根据不同的商铺租金额，来申请开具相应税号的发票，发票依据企业的经营情况分为增值税普通发票、增值税专用发票等，发票一般由专人签发并送达给地主。 此外，为了使商业营运公司能够更好地收租和开发发票，建议商业营运公司尽量在租约中明确租金的缴纳方式，时间和期限，开发发票的相关事宜，以及在发票和租金方面有相应条款，以确保发票及时开具，租金及时收取。 另外，商业营运公司在开发发票时，还应当核实租户和商铺的信息，确保发票信息的真实性，以及拥有足够的资金以保证发票能够及时开具和缴纳税款。 拓展：开票软件技术是商业营运公司更好的开发发票的工具，在涉及到批量开发发票的情况下，开票软件可以提高工作效率，减少人工处理的时间。开票软件也可以帮助商业营运公司管控发票的正确性和准确性，从而确保收租和开发发票的及时性和准确度。